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Text File  |  1995-03-04  |  3.0 KB  |  63 lines
  1. *************************************************
  2. * Ribonuclease T2 family histidine active sites *
  3. *************************************************
  4.  
  5. The fungal ribonucleases T2 from Aspergillus oryzae, M from Aspergillus saitoi
  6. and Rh from Rhizopeus niveus  are structurally  and functionally related 30 Kd
  7. glycoproteins [1] that cleave the 3'-5' internucleotide  linkage  of RNA via a
  8. nucleotide 2',3'-cyclic phosphate intermediates (EC 3.1.27.1).
  9.  
  10. A number of other RNAses  have  been found to be evolutionary related to these
  11. fungal enzymes:
  12.  
  13.  - Self-incompatibility [2]  in  flowering  plants  is  often  controlled by a
  14.    single gene   (S-gene)   that  has  several  alleles.  This  gene  prevents
  15.    fertilization by  self-pollen  or  by  pollen  bearing either of the two S-
  16.    alleles expressed  in the style. The self-incompatibility glycoprotein from
  17.    several higher  plants of the solanaceae family has  been shown [2,3] to be
  18.    a ribonuclease.
  19.  - Phosphate-starvation  induced  RNAses  LE and LX from tomato [4]. These two
  20.    enzymes are probably involved in a phosphate-starvation rescue system.
  21.  - Escherichia coli periplasmic RNAse I (EC 3.1.27.6) (gene rna) [5].
  22.  
  23. Two histidines residues have been shown [6,7]  to be involved in the catalytic
  24. mechanism of RNase T2 and Rh.  These  residues  and the region around them are
  25. highly conserved in all  the sequence described above.  We  have developed two
  26. signature patterns, one  for  each  of  the two  active-site  histidines.  The
  27. second pattern  also  contains  a cysteine which is  known to be involved in a
  28. disulfide bond.
  29.  
  30. -Consensus pattern: [FYWL]-x-[LIVM]-H-G-L-W-P
  31.                     [H is an active site residue]
  32. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  33. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  34.  
  35. -Consensus pattern: [LIVMF]-x(2)-[HDY]-[EQ]-[FYW]-x-[KR]-H-G-x-C
  36.                     [H is an active site residue]
  37.                     [C is involved in a disulfide bond]
  38. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  39. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: genome   polyproteins  from  Bovine
  40.  viral diarrhea virus and Hog cholera virus.  It seems that these pestiviruses
  41.  polyproteins include a RNAse T2-like domain [8].
  42.  
  43. -Last update: October 1993 / Patterns and text revised.
  44.  
  45. [ 1] Watanabe H., Naitoh A., Suyama Y., Inokuchi N., Shimada H., Koyama T.,
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  49.      Science 250:937-941(1990).
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  51.      Sakiyama F., Clarke A.E.
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  54.      Eur. J. Biochem. 214:627-633(1993).
  55. [ 5] Meador J. III, Kennell D.
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  57. [ 6] Kawata Y., Sakiyama F., Hayashi F., Kyogoku Y.
  58.      Eur. J. Biochem. 187:255-262(1990).
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  62.      Unpublished observations (1993).
  63.